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宾夕法尼亚大学新开发出一种分析RNA调控法

日期:2014-10-22 00:00:00

宾夕法尼亚大学的科学家们开发了分析RNA调控的新方法,这一方法能够有效获得RNARNA结合蛋白(RBP)互作的所有位点。生物学家们逐渐意识到,rna不只是DNA和蛋白之间的过渡产物,它对调节基因的表达有重要作用。深入研究RNA调控,能够帮助科学家们进一步理解相关疾病。针对这个问题,宾夕法尼亚大学的科学家们开发了分析RNA调控的新方法,这一方法能够有效获得RNARNA结合蛋白(RBP)互作的所有位点。这个方法不仅鉴定了RBP结合位点中的重要基因突变,还为其他RNA研究者提供了路线图。

 

RNA分子生活史中的每一步都受到RBP的控制,” 文章的资深编辑,助理教授Brian D. Gregory说。“大家希翼建立RBP结合位点的数据库。”这些互作发生的位点,对于理解RNA相关疾病非常重要。

 

“许多研究显示,RBPRBP结合位点上的突变影响很大,特别是对大脑而言,”文章的共同第一编辑Ian M Silverman说。“神经元似乎对RBP缺陷更为敏感。”研究人员希翼开发出类似于DNA印记法(DNA footprinting)的技术。此前也有一些研究团队进行了RNA印记分析,但他们是使用人工合成的核苷酸来标记蛋白互作的位点,这种方法只能在体外培养的细胞中进行,不能用于组织或整个有机体。

 

宾夕法尼亚大学的研究团队,在HeLa人类细胞系中对转录组进行了分析。他们通过交联将RNA分子与蛋白连接起来,然后用酶降解RNA分子,并对这些片段进行测序。RNA与蛋白结合的片段会受到保护而免于降解,而在去除了RBP的对照组中RNA不再受到这样的保护,因此对比两组的测序结果,就能揭示蛋白的结合位点。研究人员将这一方法称为PIP-seq

 

这项研究验证了PIP-seq的可重复性,并且向人们展示PIP-seq得到的结果与已知的RBP结合位点相符。研究人员进一步研究RBP的结合位点发现,许多结合位点位于RNA剪切的相关区域。此外,一些反复出现的结合序列,与重要的生物学过程有关,包括发育、免疫和细胞程序性死亡。

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