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一种可对人类基因组数据可视化分析的新型工具

日期:2014-08-12 00:00:00

近日,刊登在国际著名杂志Nature Methods上的一篇研究论文中,来自马里兰大学的研究人员通过研究开发了一种基于网络的新型工具,其可以使得研究者对来自高通量基因组试验中的大量数据进行快速比对和分析。

新一代的测序技术给功能基因组学的研究带来了革命性的飞跃,其是理解健康和患病个体细胞功能机制的关键,也是开发一系列疾病比如癌症等疗法的钥匙;为了浏览检索到整个基因组数据库,一系列的图形接口工具就必须表现出来自基因组浏览器的是信息,而名为Epivizr的新型工具久违基因组浏览器数据的获得提供了一定的基础,其可以帮助科学家们整合一些开放资源的分析App。

研究者Hector Corrada Bravo教授表示,此前的工具均限制了数据的可视化和传播功能,而本文中新型工具Epivizr就是基于生物传导的基本结构,其为研究者们提供了新一代的测序技术,比如ChIP-seq,其用于分析蛋白质和DNA之间的作用;RNA-seq,其可以提供细胞内大量RNA的信息以及对DNA进行甲基化分析。

这项研究中,研究者利用Epivizr工具对结肠癌患者机体的DNA甲基化以及基因表达的数据进行了可见分析,结果发现,相比正常模式来讲,DNA甲基化模式的改变和一系列人类恶性肿瘤的发病直接相关。研究者表示,大家对结肠癌的样本进行分析后发现了DNA甲基化改变的一致性区域,而且在其它类型癌症中也发现了相似的DNA甲基化区域出现的基因表达信息。

最后,Corrada Bravo教授表示,新型工具Epivizr的开发可以帮助生物医学家们得到大量的基因组学数据,并且对其进行分析研究,来开发新型治疗人类疾病的疗法。

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