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单细胞样本在芯片和测序研究中的解决方案

日期:2013-09-24 00:00:00

近年来研究者认识到肿瘤细胞异质性的存在,继续使用之前的做法——将整个肿瘤组织作为一个样本进行研究,并不能正确的揭示出肿瘤组织中细胞内基因的变化。同样,在动物胚胎发育和植物分生组织研究中,单细胞或者微量细胞也是最重要和最关键的样本类型。因此,激光显微切割(LCM)和单细胞分选技术被大量的应用在这些研究中。但是,如何将显微切割或细胞分选得到的少量甚至单细胞有效的应用在下游研究中,是研究者面临的重大挑战。

1990年,Van Gelder等提出了Eberwine法,将cDNA通过T7体外转录系统合成aRNA,即最经典的RNA线性扩增方法。在此之后,很多非常优秀的学者基于Eberwine法研究出多种不同的RNA扩增方法。基于Eberwine法的线性扩增使用量噬菌体的强启动子,对真核生物的mRNA序列没有偏好,因此扩增产物可以非常好地保持原始转录本中mRNA的丰度,具有非常高的保真度。

Epicentre (an illumina company)利用其著名的T7体外转录体系,对Eberwine技术进行了改良。基于改良技术,提供了多个系列的RNA扩增产品,适用于单细胞样本或者微量RNA样本。

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